ПРОГРАММНО-ВЫЧИСЛИТЕЛЬНЫЙ КОМПЛЕКС «ОКУНЬ-2» ДЛЯ ОЦЕНКИ МУТАЦИОННОГО ПРОФИЛЯ ГЕНОВ РЕЗИСТЕНТНОСТИ И ВИРУЛЕНТНОСТИ СЕКВЕНИРОВАННЫХ ГЕНОМОВ МИКОБАКТЕРИИ ТУБЕРКУЛЕЗА

Приводится описание нового программно-вычислительного комплекса, предназначенного для обработки данных полных геномов микобактерии туберкулеза человека с целью получения информации о профиле резистентности и вирулентности туберкулеза.

туберкулез, геномика, полногеномное секвенирование, антибиотики, устойчивость к противотуберкулезным лекарственным средствам, биоинформатика

1. Transmission Electron Microscopy of XDR Mycobacterium tuberculosis Isolates Grown on High Dose of Ofloxacin / M. Arjomandzadegan [et al.] // Sci Pharm. 2017. № 1. P. 3-10.

2. Computational databases, pathway and cheminformatics tools for tuberculosis drug discovery / S. Ekins [et al.] // Trends Microbiol. 2011. № 2. P. 65-74.

3. Bioinformatics tools and databases for whole genome sequence analysis of Mycobacterium tuberculosis / K. Faksri [et al.] // Infect Genet Evol. 2016. № 1. P. 359-368.

4. PhyResSE: a Web Tool Delineating Mycobacterium tuberculosis Antibiotic Resistance and Lineage from Whole-Genome Sequencing Data / S. Feuerriegel [et al.] // J Clin Microbiol. 2015. № 6. P. 1908-1914.

5. Unipro UGENE NGS pipelines and components for variant calling, RNA-seq and ChIP-seq data analyses / O. Golosova [et al.] // PeerJ. 2014. № 2. P. e644.

6. CASTB (the comprehensive analysis server for the Mycobacterium tuberculosis complex): A publicly accessible web server for epidemiological analyses, drug-resistance prediction and phylogenetic comparison of clinical isolates / H. Iwai [et al.] // Tuberculosis (Edinb). 2015. № 6. P. 843-844.

7. Jain N.C. Information retrieval of tuberculosis literature in e-databases // Indian J Tuberc. 2014. № 3. P. 186-188.

8. Shared bioinformatics databases within the Unipro UGENE platform / I.V. Protsyuk [et al.] // J Integr Bioinform. 2015. № 1. P. 257.

9. Mycobacterium tuberculosis resistance prediction and lineage classification from genome sequencing: comparison of automated analysis tools / V. Schleusener [et al.] // Scientific Reports. 2017. № 4. P. 46327.

10. KvarQ: targeted and direct variant calling from fastq reads of bacterial genomes / A. Steiner [et al.] // BMC Genomics. 2014. № 15. P. 881.

11. ExpertDiscovery and UGENE integrated system for intelligent analysis of regulatory regions of genes / Y.Y. Vaskin [et al.] // In Silico Biol. 2011. № 3-4. P. 97-108.